Dans l'agriculture, les contrôles non destructifs sont utilisés mais plus rarement. Par exemple, une technique qui utilise un isotope instable de l'azote comme traceur conduit à optimiser les quantités d'engrais ainsi que les lieux et le temps les plus favorables à son épandage. Elle permet de mieux tirer partie de la fertilité des sols et de l'irrigation, tout en réduisant des dégâts pour l'environnement.

L'irradiation γ est utilisée industriellement en hygiène alimentaire. Environ 20 000 tonnes de produits destinés à l'alimentation sont stérilisés chaque année en France par irradiation γ ou par des électrons* accélérés. De tels rayonnements constituent un outil de choix pour éliminer, à froid et avec une grande fiabilité, les micro-organismes, bactéries, moisissures, parasites. Durant l'opération, seuls les atomes* et molécules subissent les effets du rayonnement. L'irradiation ne touche pas les noyaux*, contrairement à ce qui serait le cas avec des neutrons*. De plus les effets cessent à la fin de l'opération. Aucun élément radioactif n'est produit. De ce point de vue, la consommation d'aliments stérilisés par ce procédé ne présente aucun danger. Les effets dépendent de la dose d'irradiation. Il est possible d'inhiber avec des doses plus ou moins fortes, la germination, de stériliser les parasites, de les tuer.

En dehors de la stérilisation des aliments, les radiations ont été utilisées pour éradiquer la mouche tsé tsé et la maladie du sommeil en Afrique. Pour obtenir cette éradication, on irradie des œufs d’insectes mâles qui seront ensuite sans descendance.